Southern hibridization

Southern hibridization merupakan prosedur untuk menghibridisasi DNA dasar dengan memindahkan DNA dari gel nitroselulosa. Dalam Southern hibridization, sampel DNA yang mengandung fragmen dengan ukuran yang berbeda dideteksi dengan elektroforesis menggunakan poliakrilamida salah satu atau agarosa gel. Untuk menghasilkan fragmen, Sampel DNA dapat melalui pemotongan mekanis atau dengan enzim restriksi endonuklease. Gel yang digunakan pada Southern hibridization yaitu ada gel agarose dan poliakrilamida.Gel agarose berguna dalam memisahkan fragmen DNA dari beberapa dalam ukuran ratusan sampai 20 kb, sementara poliakrilamida untuk fragmen yang lebih kecil. Untuk fragmen DNA yang ukurannya lebih dari 1000-2000 kb dipisahkan dalam gel agarosa dengan medan listrik berdenyut, atau inversi lapangan. Gel yang digunakan merupakan jaringan yang kompleks yang terbuat dari molekul polimer, fragmen DNA bermigrasi melalui gel tergantung pada ukuran mereka, di bawah medan listrik karena molekul DNA bermuatan negatif. Molekul DNA kecil bermigrasi relatif lebih cepat dari yang lebih besar. Gel yang diwarnai dengan pewarna intercalcating bromida yang, memberikan fluoresensi dan terlihat pada pencahayaan dengan sinar UV, sesedikit 0,05 mg DNA dalam satu band dapat dideteksi dengan menggunakan pewarna ini. Pendekatan ini berguna ketika beberapa fragmen DNA dengan perbedaan yang cukup panjang harus dipisahkan dan dipelajari. Pendekatan ini juga memisahkan (superkoil) melingkar tertutup, konfigurasi sobek (santai) dan linear sebuah molekul DNA tunggal. Dalam banyak situasi, sangat penting untuk mendeteksi dan mengidentifikasi fragmen DNA dalam suatu sampel yang melengkapi urutan DNA tertentu, misalnya, untuk menunjukkan keberadaan gen yang bersangkutan di transgenik, untuk mendeteksi dan stuty RFLP (pembatasan fragmen polimorfisme panjang) , dll Hal ini dicapai dengan hibridisasi Southern di mana langkah-langkah berikut ini dilakukan.